Direktorat Jenderal Hak Asasi Manusia (HAM) terdiri dari enam unit Eselon II yang berperan penting dalam menjalankan tugasnya. Sekretariat Direktorat Jenderal memberikan pelayanan teknis dan administratif kepada seluruh satuan organisasi di lingkungan Direktorat Jenderal HAM. Direktorat Pelayanan Komunikasi Masyarakat bertanggung jawab atas perumusan kebijakan, bimbingan teknis, pemantauan, evaluasi, dan pelaporan terkait penanganan dugaan pelanggaran HAM. Direktorat Kerja Sama HAM berfokus pada kerja sama HAM baik dalam perumusan kebijakan maupun pemantauan dan pelaporan. Direktorat Diseminasi dan Penguatan HAM bertugas mengembangkan tenaga diseminasi dan penguatan HAM serta melaksanakan pemantauan dan evaluasi di bidang tersebut. Direktorat Instrumen HAM bertanggung jawab atas perumusan dan pelaksanaan kebijakan serta pemantauan dan evaluasi di bidang instrumen HAM. Terakhir, Direktorat Fasilitasi dan Informasi HAM melaksanakan kegiatan fasilitasi, bimbingan teknis, pemantauan, evaluasi, dan pelaporan terkait fasilitasi dan informasi HAM.
