Berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 134 Tahun 1999, Kantor Menteri Negara Urusan Hak Asasi Manusia mempunyai tugas pokok dan fungsi sebagai berikut : (1) perumusan kebijakan, (2) koordinasi, (3) peningkatan peran serta masyarakat dan (4) pelaporan dan evaluasi. Keputusan Presiden tersebut merupakan dasar arahan dalam upaya terhadap peningkatan Hak Asasi Manusia dan kemudian ditindak lanjuti dengan Keputusan Menteri Negara Urusan HAM Nomor KEP.08/Meneg-HAM/I/2000 tentang Organisasi dan Tata Kerja Staf Menteri Negara Urusan HAM. Struktur Organisasi Kantor Meneg Urusan HAM adalah :
- Sekretaris Menteri
- Deputi Bidang Hukum dan Perundang-Undangan
- Deputi Bidang Pemasyarakatan HAM
- Deputi Bidang Penanggulangan Pelanggaran HAM
- Deputi Bidang Pemantauan dan Evaluasi
- Deputi Bidang Kerja Sama antar Lembaga
- Staf Ahli Bidang Legislasi dan Peraturan Perundang-Undangan tentang Pemajuan dan Perlindungan HAM
- Staf Ahli Bidang Pencegahan Diskriminasi dan Perlindungan Golongan Minoritas
- Staf Ahli Bidang Pemajuan dan Perlindungan Hak-Hak Sipil, Politik dan Keamanan
- Staf Ahli Bidang Pemajuan dan Perlindungan Hak-Hak Ekonomi
- Staf Ahli Bidang Pemajuan dan Perlindungan Hak-Hak Sosial Budaya
Dalam perkembangan selanjutnya, berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 234/M Tahun 2000 serta mengacu Surat Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor 02/M.PAN/8/2000 tanggal 30 Agustus 2000, maka keberadaan Kantor Menteri Negara Urusan Hak Asasi Manusia dihapuskan dan digabung bersama Departemen Hukum dan Perundang-Undangan sehingga menjadi Departemen Kehakiman dan HAM, maka Menteri Kehakiman dan HAM melalui surat Nomor M.UM.01.06-264 tanggal 18 September 2000 antara lain menegaskan bahwa seluruh kegiatan yang sudah ada dan sedang berjalan tetap harus dilakukan sebagaimana mestinya sampai terbentuknya organisasi dan tata kerja Departemen Kehakiman dan HAM.
Melalui Keputusan Presiden RI Nomor 177 Tahun 2000 tanggal 15 Desember 2000 tentang Susunan Organisasi dan Tugas Departemen, maka semua program Kantor Menteri Negara Urusan HAM menjadi bagian dari program Departemen Kehakiman dan HAM, dalam hal ini Direktorat Jenderal Perlindungan HAM serta Badan Penelitian dan Pengembangan HAM.
Berdasarkan keputusan Menteri Kehakiman dan HAM RI Nomor M.01-PR.07.10 Tahun 2001 tanggal 6 Pebruari 2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Kehakiman dan HAM, Direktorat Jenderal Perlindungan HAM terdiri dari 6 eselon II, yaitu :
- Sekretaris Ditjen Perlindungan HAM
- Direktorat Bina HAM
- Direktorat Kerjasama Pemajuan HAM
- Direktorat Pemenuhan HAM
- Direktorat Sistem Informasi HAM
- Direktorat Pemantauan dan Evaluasi HAM
Pada tanggal 20 April 2007 dikeluarkan kembali Peraturan Menteri Hukum dan HAM Nomor M.09-PR.07.10 Tahun 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Hukum dan HAM, dimana nomenklatur Direktorat Jenderal Perlindungan HAM diubah menjadi Direktorat Jenderal Hak Asasi Manusia.
Pada tanggal 27 Pebruari 2008 diterbitkan Peraturan menteri Hukum dan HAM Nomor M.HH-01.OT.01.01 Tahun 2008 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Hukum dan HAM Nomor M.09.PR.07.10 Tahun 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Hukum dan HAM, direktorat Jenderal Hak Asasi Manusia terdiri dari 6 (enam) Eselon II, yaitu :
- Sekretariat Ditjen HAM
- Direktorat Pelayanan Komunikasi Masyarakat
- Direktorat Kerja Sama HAM
- Direktorat Penguatan HAM
- Direktorat Diseminasi HAM
- Direktorat Informasi HAM
Dalam rangka Reformasi Birokrasi, khususnya yang terkait di bidang kelembagaan, maka pada tanggal 30 Desember 2010 Departemen Hukum dan HAM RI berubah menjadi Kementerian Hukum dan HAM sesuai dengan peraturan Menteri Hukum dan HAM RI Nomor M.HH-05.OT.01.01 Tahun 2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Hukum dan HAM RI. Dalam hal ini struktur organisasi Direktorat Jenderal Hak Asasi Manusia tidak mengalami perubahan.
Pada tanggal 29 September 2015 diterbitkan Peraturan menteri Hukum dan HAM RI Nomor 29 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Hukum dan Hak Asasi manusia RI, direktorat Jenderal Hak Asasi Manusia terdiri dari 6 (enam) Eselon II, yaitu :
- Sekretariat Ditjen HAM
- Direktorat Pelayanan Komunikasi Masyarakat
- Direktorat Kerja Sama HAM
- Direktorat Diseminasi dan Penguatan HAM
- Direktorat Instrumen HAM
- Direktorat Informasi HAM